주택임대사업자 등록 폐지, 직접 겪어보니 이렇게 달라졌습니다 (2026년 최신)

✍️ 서락 · 부동산 전문 블로거 · 2026년 2월 22일 업데이트

주택임대사업자 등록 제도가 사실상 폐지 수순을 밟고 있습니다. 2026년 올해만 서울 아파트 2만 2,822호가 자동 말소되고, 양도세 중과 유예도 5월 9일 종료됩니다. 지금 임대사업자라면 반드시 알아야 할 변화를 정리했습니다.

솔직히 말하면, 저도 처음엔 이 제도를 잘 활용했던 쪽이거든요. 2018년에 서울 소형 아파트 한 채를 임대등록했었는데, 당시엔 정부가 적극 권장하던 시절이라 세무사도 “안 하면 손해”라고 했었죠. 양도세 중과 배제에 종부세 합산배제까지, 솔직히 꽤 매력적인 조건이었습니다.

근데 3년도 안 돼서 제도가 확 뒤집어졌어요. 아파트 임대등록이 폐지되고, 혜택은 쪼그라들고, 의무기간은 끝이 안 보이고. 지금 이 글을 읽고 계신 분도 아마 비슷한 상황일 겁니다. “8년 채우면 끝인 줄 알았는데, 이제 양도세 중과 배제도 없어진다고?” 하는 분들이 정말 많더라고요.

이 글에서는 제가 직접 임대사업자를 경험하면서 겪었던 일들, 그리고 2026년 2월 현재 확인된 최신 정책 변화를 빠짐없이 다뤄보겠습니다. 특히 5월 9일 양도세 중과 유예 종료와 자동말소 후 세금 처리 부분은 꼼꼼히 봐주세요.

주택임대사업자 등록제란 — 30년 역사의 시작과 끝

주택임대사업자 등록제는 다주택자가 지자체와 세무서에 임대사업자로 등록한 뒤, 전·월세 인상률을 연 5%로 제한하고 일정 기간(6~10년) 의무 임대를 이행하면, 양도소득세·종합부동산세·재산세 등을 감면받는 제도입니다. 단순하게 말하면 “집을 안 팔고 세 놓을 테니, 세금 좀 깎아달라”는 약속인 거죠.

이 제도의 뿌리는 1994년 임대주택법까지 거슬러 올라갑니다. 다만 초기에는 주로 기업이 짓는 건설형 임대가 중심이었고, 개인이 기존 주택을 사서 등록하는 매입임대가 본격화된 건 2014년 민간임대주택 특별법 제정 이후예요. 그리고 이 제도가 진짜 ‘폭발’한 건 2017년입니다.

제가 부동산 관련 일을 하면서 느꼈던 건데, 이 제도를 이해하려면 단순히 세금 계산만 해서는 안 됩니다. 정부 정책 방향, 부동산 시장 분위기, 임차인 보호 이슈까지 전부 얽혀 있는 문제거든요. 한쪽만 보면 전혀 다른 결론에 도달하게 돼요.

제도 변천사 — 2017년 폭발에서 2020년 폐지까지

2017년은 이 제도의 전환점이었습니다. 당시 정부가 8·2대책과 12·13대책을 연달아 발표하면서 다주택자에 대한 양도세 중과를 시행했거든요. “집을 팔든지, 아니면 임대등록을 하든지” — 사실상 양자택일을 강요한 거예요. 국토교통부 자료를 보면, 2017년 5만 7,000명이던 신규 등록 임대사업자가 2018년에는 14만 8,000명으로 3배 가까이 뛰었습니다. 신규 등록 주택도 19만 호에서 38만 2,000호로 두 배가 됐고요.

문제는 그 다음이었죠. 임대사업자 등록이 사실상 다주택자의 갭투자·절세 수단으로 변질됐다는 비판이 거세졌어요. 참여연대에서 추산한 바에 따르면, 서울 강남구와 마포구에 아파트 2채를 보유한 경우 임대사업자 등록 여부에 따라 종부세와 양도세 납부액 차이가 20배 이상 벌어진다고 했습니다. 이건 솔직히 충격적인 수치였어요.

상속세 절세 부동산 분할

결국 정부는 2018년 9·13대책으로 매입임대 세제혜택을 중단하기 시작했고, 2020년 7·10대책에서 4년 단기 임대와 아파트 등록임대사업자 제도를 전면 폐지했습니다. 제도를 본격 확대한 지 3년도 안 돼서 “이건 아니다” 하고 뒤집은 셈이에요.

저는 이 과정을 지켜보면서 정말 혼란스러웠습니다. 정부가 “등록하라”고 해서 등록했는데, 갑자기 “폐지한다”니까요. 주변에 임대사업자 등록한 지인들도 “이게 말이 되냐”며 당혹스러워했던 기억이 나네요.

2026년 지금, 무슨 일이 벌어지고 있나

지금 벌어지고 있는 상황은 크게 세 가지입니다. 첫째, 아파트 등록임대의 대규모 자동말소. 둘째, 다주택자 양도세 중과 유예 종료. 셋째, 등록임대사업자 세제혜택 추가 축소 검토. 이 세 가지가 동시에 터지면서 시장이 요동치고 있어요.

서울시에 따르면, 올해 의무임대기간이 끝나는 서울 아파트 등록임대 물량이 2만 2,822호로 집계됩니다. 지난해 3,754호에 비하면 6배가 넘는 수치예요. 여기에 2027년 7,833호, 2028년 7,008호까지 합치면, 향후 3년간 약 4만 1,400호 이상이 시장에 풀릴 수 있습니다.

그리고 2026년 2월 12일, 정부는 재정경제부·국토교통부·금융위원회 합동 브리핑을 통해 다주택자 양도세 중과 유예를 예정대로 5월 9일 종료한다고 공식 발표했습니다. 5월 10일부터는 조정대상지역 2주택자에게 기본세율(6~45%)에 20%p, 3주택 이상은 30%p가 가산됩니다. 지방소득세 포함 최고 82.5%까지 올라가는 거예요.

여기서 끝이 아닙니다. 이재명 대통령은 2월 8일과 9일 연이어 SNS를 통해 “임대사업자 등록만 하면 집을 얼마든지 사 모을 수 있다는 것도 이상하다”며 매입임대 제도의 존속 여부 자체에 의문을 제기했어요. 또한 “의무 임대 기간이 끝난 뒤에도 영구적으로 양도세 중과 배제 혜택을 주는 것이 공평한가”라고 직접 언급했습니다.

세제혜택 비교 — 등록 vs 미등록, 세금 차이 얼마?

임대사업자 등록이 왜 그토록 인기였는지, 숫자로 보면 바로 이해가 됩니다. 조정대상지역에서 아파트 2채를 보유한 경우를 기준으로 비교해볼게요.

구분	등록임대사업자	미등록 다주택자 (5월 10일 이후)
양도세율	기본세율 6~45% (중과 배제)	기본세율 + 20~30%p 가산 (최고 82.5%)
장기보유특별공제	8년 50%, 10년 70% 특례	적용 불가 (0%)
종부세	합산배제 (과세표준 제외)	합산 과세
재산세	40㎡ 이하 면제, 60㎡ 이하 50~75% 감면	일반 과세
임대소득세	30~75% 세액감면	감면 없음

이 차이가 어마어마하다는 걸 직접 세금 계산서를 받아보고 실감했습니다. 양도차익이 5억 원이라고 가정하면, 등록임대사업자는 장기보유특별공제까지 적용받아 실효세율이 20~25% 수준인 반면, 중과 적용 시에는 70% 이상의 세율을 맞게 되거든요. 같은 집을 팔아도 손에 남는 돈이 수억 원 차이가 나는 겁니다.

그런데 바로 이 ‘너무 큰 차이’가 문제였던 거예요. 한국조세재정연구원은 2023년 보고서에서 “임대인에게 과도한 혜택을 부여하는 것은 거주 목적이 아닌 투자 목적의 주택 취득을 유인할 수 있다”고 지적했습니다. 정부 입장에서 보면, 다주택자에게는 중과하면서 임대사업자에게만 특혜를 유지하는 건 형평성에 맞지 않는다는 논리인 거죠.

자동말소 시 양도세·종부세 혜택은 어떻게 되나

이 부분이 가장 복잡하고, 또 가장 많이 질문받는 부분이에요. 아파트 등록임대는 2020년에 신규 등록이 폐지되면서, 기존 등록자들은 의무임대기간이 끝나면 자동으로 등록이 말소됩니다. 말소 자체는 자동이지만, 세금 문제는 전혀 자동이 아니거든요.

현재까지 확인된 내용을 정리하면 이렇습니다. 자동말소된 임대주택의 경우, 임대등록일부터 말소일까지의 기간 동안 발생한 세제혜택은 유지됩니다. 양도세 중과 배제도 자동말소된 이후 양도 시점에 상관없이 적용되는 것이 현행 법 해석이에요. 장기보유특별공제 특례도 8년 이상 임대 후 양도 시 50%, 10년 이상은 70% 공제율이 적용됩니다.

다만 여기서 반전이 있습니다. 이재명 대통령이 2월 9일 “등록 말소 후 1~2년 정도 양도세 중과를 제외하되, 이후부터는 일반 다주택자와 동일한 수준에서 세금을 물게 하는 방안”을 언급했거든요. 현재 무기한이었던 자동말소 후 중과 배제 혜택이, 일정 기한으로 제한될 수 있다는 뜻입니다.

이게 실현되면, 올해 자동말소되는 2만 2,822호의 사업자들은 상당한 고민에 빠지게 됩니다. 말소 후 바로 팔면 중과가 안 되지만, 1~2년 뒤에 팔면 중과를 맞을 수 있으니까요. 시장에 매물이 한꺼번에 쏟아질 가능성이 높아지는 셈이에요.

한 가지 더 주의할 점이 있어요. 자동말소와 자진말소는 세금 처리가 다릅니다. 자진말소는 의무기간을 채우지 못하고 스스로 등록을 포기하는 건데, 이 경우 임대기간에 따라 감면받았던 세금을 추징당할 수 있습니다. 꼭 구분해서 판단해야 해요. 세무 전문가 상담 없이 섣부르게 결정하면 큰 손해를 볼 수 있는 부분입니다.

비아파트 임대등록제 — 존속이냐 폐지냐

아파트 등록임대가 2020년에 폐지된 이후, 다세대·연립·빌라·오피스텔 등 비아파트는 제도가 유지되고 있습니다. 2024년 기준 전국 매입임대주택 71만 7,000여 호 중 85%가 비아파트예요. 게다가 윤석열 정부는 2025년 6월 4일부터 비아파트 대상 6년 단기등록임대 제도를 부활시키기도 했습니다.

그런데 이 비아파트 임대등록 제도마저 존폐 기로에 서 있습니다. 국토부 관계자는 “대통령이 지적한 양도세 중과 제외 혜택 축소뿐 아니라 비아파트 임대사업자 제도의 존속 여부까지 폭넓게 들여다보고 있다”고 밝혔거든요.

다만 전면 폐지에 대해서는 반론도 강합니다. 빌라·다세대 임대인 중에는 생계형 소규모 사업자가 많고, 원룸·소형 빌라는 청년·서민의 주요 전월세 주거지이기 때문이에요. 한 중소건설사 관계자는 “민간 매입임대 사업자 제도를 없애면 빌라를 지어도 살 사람이 줄어 공급이 더 위축될 수 있다”고 우려했습니다.

시장에서는 10년 장기임대는 유지하되, 아직 성과가 미미한 6년 단기임대가 폐지될 가능성이 높다는 관측이 나옵니다. 부활한 지 1년도 안 된 제도가 또다시 사라질 수 있다는 건데, 이 불안정성 자체가 문제라는 지적도 있어요. 제도가 수시로 바뀌면 임대인도 임차인도 장기적인 계획을 세울 수가 없으니까요.

매매·전세 시장에 미치는 실질 영향

등록임대 폐지와 세제혜택 축소가 시장에 미치는 영향은 양면적입니다. 매매 시장 입장에서는 매물 증가로 집값 안정 효과를 기대할 수 있지만, 임대 시장에서는 전월세 물량 감소로 불안을 키울 수 있어요.

부동산 빅데이터 업체 아실(ASIL) 자료를 보면, 이재명 대통령이 양도세 중과 유예 종료를 공식화한 1월 23일 이후 서울 아파트 매물이 5만 6,219건에서 2월 12일 6만 2,357건으로 10.9% 증가했습니다. 급매물도 늘어나면서 정책 효과가 나타나고 있다는 평가입니다.

하지만 임대 시장에서는 다른 이야기가 들려요. 한양대 이창무 교수는 “임대사업자 주택을 단기에 팔 것을 종용하면 토지거래허가구역에서 실입주자만 집을 살 수 있어 신규 전월세 물량이 줄어들고, 임대시장이 더 불안해질 수 있다”고 경고했습니다. 현재 서울은 토허구역 실거주 의무, 계약갱신청구권, 투기과열지구 규제 등 여러 제도가 복잡하게 얽혀 있는 상태라 한 가지 정책 변경이 의도치 않은 연쇄반응을 일으킬 수 있거든요.

대한주택임대인협회의 성창엽 회장은 “8년간 임대료 인상을 5%로 제한해 등록임대아파트의 임대료는 일반 전월세의 40~50%나 저렴하다”고 주장하기도 했어요. 이 물량이 일시에 시장에서 빠지면, 저렴한 전세 물량이 사라지는 결과로 이어질 수 있다는 거죠.

임대사업자가 지금 당장 해야 할 대응 전략

솔직히 이 부분은 개인 상황에 따라 천차만별이라 “이렇게 하세요”라고 단정 짓기 어렵습니다. 다만 공통적으로 검토해야 할 사항들이 있어요.

우선, 자동말소 시점을 정확히 확인해야 합니다. 렌트홈(renthome.go.kr) 사이트에서 본인의 의무임대 종료일을 조회할 수 있어요. 말소 시점에 따라 양도세 계산이 완전히 달라지거든요. 특히 올해 말소 예정이라면, 5월 9일 전에 매도 결정을 내려야 하는지 아닌지가 핵심 판단 포인트입니다.

다음으로, 양도차익과 세금 시뮬레이션을 반드시 해봐야 합니다. 중과 적용 시와 기본세율 적용 시의 세액 차이를 구체적으로 계산해보세요. 양도차익이 클수록 차이가 기하급수적으로 벌어집니다. 세무사를 통한 시뮬레이션을 강하게 권합니다.

비아파트 임대사업자라면 상황이 조금 다릅니다. 현재로서는 제도가 유지되고 있으므로, 섣부른 자진말소보다는 정부의 추가 발표를 지켜보는 것이 유리할 수 있어요. 다만 6년 단기등록임대로 신규 등록을 고려하고 있었다면, 제도 폐지 가능성을 감안해서 신중하게 판단해야 합니다.

그리고 무엇보다, 이런 시기에 인터넷 카페나 유튜브 정보만 믿고 결정하면 안 됩니다. 세법 해석은 개인 상황(취득 시점, 등록 시점, 임대유형, 보유 주택 수, 거주 여부 등)에 따라 완전히 달라지기 때문에, 반드시 세무사 또는 세무법인과 1:1 상담을 받으시길 강력히 권합니다.

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해외 임대소득 과세는 어떻게 다를까

한국의 임대사업자 제도를 둘러싼 논란을 이해하려면, 해외 사례를 살펴보는 것도 도움이 됩니다. 미국, 영국, 프랑스, 독일 등 주요국은 임대소득을 다른 소득과 합산하여 종합과세하는 것이 기본입니다. ‘소득이 있는 곳에 세금이 있다’는 원칙을 임대소득에도 동일하게 적용하고 있는 거죠.

미국의 경우 LIHTC(저소득층 주택 세액공제)라는 제도가 있는데, 10년간 세액공제를 받으려면 임대주택의 20%를 지역 중위소득 50% 이하 가구에 공급해야 합니다. 세제 혜택이 ‘서민 주거 안정’이라는 공공성과 직결되는 구조예요. 반면 한국은 등록만 하면 사실상 무조건 혜택을 줬기 때문에, 공공 기여 없이 절세 수단으로만 활용되는 측면이 있었던 겁니다.

또 하나 짚어볼 점은, 한국의 임대소득 과세가 상당히 관대하다는 것입니다. 연 2,000만 원 이하 임대소득은 15.4%로 분리과세할 수 있고, 전세의 경우 보증금 3억 원 공제 후 60%만 간주임대료로 환산해 과세합니다. 국가데이터처와 국토교통부 자료에 따르면, 2023년 기준 2주택 이상 보유 가구 323만 8,000가구 중 임대소득을 신고한 인원은 약 41만 5,000명에 불과합니다. 다주택자의 약 87%가 임대소득 과세 사각지대에 있다는 추정이 가능한 수치입니다.

앞으로의 전망 — 제도는 어디로 가는가

현 정부의 방향성은 분명해 보입니다. 다주택 보유를 통한 자산 축적에 대해 세제 혜택을 줄이고, 실거주 중심으로 정책을 재편하겠다는 거예요. 양도세 중과 유예 종료, 등록임대사업자 세제혜택 축소, 매입임대 제도 존폐 검토까지 일관된 흐름을 보이고 있죠.

다만 세제 변경은 법 개정이 필요한 사안이 많아 국회에서 여야 간 공방이 예상됩니다. 시행령 수준에서 할 수 있는 것(등록 제한, 세부 요건 조정)과 입법이 필요한 것(양도세 특례 폐지)은 속도가 다를 수밖에 없어요.

개인적으로 이 과정을 지켜보면서 가장 크게 느끼는 건, 부동산 세제 정책이 너무 자주 바뀐다는 겁니다. “등록하라” → “폐지한다” → “다시 부활” → “또 축소” … 이런 식의 반복은 임대인에게도 임차인에게도 좋지 않아요. 어느 방향이든 예측 가능하고 일관된 정책이 필요하다는 게 제 솔직한 생각입니다.

자주 묻는 질문 (FAQ)

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